An assessment of the public health surveillance strategy based on molecular testing during three major pandemic waves of COVID-19 in Brazil.

A national laboratory-based surveillance system was adapted to monitor the situation of SARS-CoV-2 in Brazil. The objective of the study was to compare the challenges in implementing COVID-19 surveillance strategies based on the Ministry of Health's (MoH) distribution of RT-PCR tests to different types of laboratories. This retrospective study analyzed the MoH's testing policies and distribution of RT-PCR tests to laboratories during the first, second, and third waves. Recipient laboratories were divided into groups: public health laboratories that belonged to the national network of public health laboratories (Group 1); public laboratories granted authorization during the pandemic (Group 2); and High-Capacity Testing Centers (Group 3). We analyzed the timing and duration of COVID-19 testing policies and the allocation of tests to laboratories by group and wave. Using t-tests, we analyzed the difference in the weekly average of tests distributed to labs by group and using Pearson's correlation coefficient, analyzed the test distribution according to infection and death rates. Between epiweek 9, 2020, and epiweek 22, 2022, the MoH distributed an average of 263,004 RT-PCR tests per week. The weekly average of tests distributed was highest in the second wave (310,327 tests), followed by the first (218,005 tests) and third waves (201,226 tests). There was a significant increase in the mean weekly tests distributed in the second wave compared to the first and third waves (p = 0.047; IC 8.29-1110.71). We found a significant difference between the weekly average of tests distributed in the first and second wave (p < 0.001; IC -209.83-76.20) to Group 2. Group 3 received the second-highest number of tests from the MoH overall, with a reduction during the third wave to first-wave levels. The distribution of RT-PCR tests was not correlated with the case and death incidence.

Evaluation of the effectiveness of surveillance policies to control the COVID-19 pandemic in São Paulo, Brazil.

BACKGROUND: Surveillance efforts are essential to pandemic control, especially where the state is the primary health provider, such as Brazil. When public health testing guidelines limit molecular tests, there are reductions in detection efforts aimed at early recognition, isolation, and treatment of those infected with the virus. This study evaluates the effectiveness of surveillance policies to control the COVID-19 pandemic in São Paulo. METHODS: We conducted an interrupted time series analysis with a segmented regression model to analyze if changes in the state's guidelines improved RT-PCR testing outcomes in Brazil's most affluent and largest state, São Paulo. Anonymized daily data on the RT-PCR tests conducted in public laboratories belonging to the state-wide network from March 1, 2020 to June 5, 2021 were extracted from the Sao Paulo State open-source database, while the data on the genomic sequences were obtained from GISAID. We then aggregated these data for the 17 regional health departments in the state to evaluate regional-level outcomes. RESULTS: The public health system restricted RT-PCR testing to hospitalized cases in the first months. Testing was expanded to permit symptomatic testing of non-hospitalized persons only in July 2020, but a statistically significant increase in surveillance efforts was not observed. Case definition was expanded to allow case confirmation based on clinical, laboratory and image data criteria other than an RT-PCR test without increasing the testing effort for asymptomatic suspicious cases in September 2020. There was an increase in the mean volume of testing in each RHD, but the test positivity rate increased due to insufficient testing expansion. Results also show an uneven improvement in testing outcomes following these changes across the state's regional health departments. CONCLUSIONS: Evidence suggests that lower RT-PCR testing and genomic surveillance efforts are associated with areas characterized by a higher population concentration and a greater population reliance on the public health system. Our results highlight the need to structure health surveillance and information systems for disease control and prevention in emergency settings considering local demographics and vulnerabilities. In high prevalence settings, efforts at identifying and including vulnerable populations in routine and enhanced surveillance programs during COVID-19 must be significantly improved.

Cantareira: calou e amarelou. A experiência de Mairiporã na gestão da Febre Amarela / Cantareira: Shut up and yellow. Mairiporã's Experience in Managing Yellow Fever

A Serra da Cantareira abrange municípios de São Paulo, Guarulhos, Mairiporã e Caieiras, com área de 64.800 ha. tombada patrimônio da UNESCO, conhecida maior floresta urbana do planeta, agora sofre impacto por ocupações irregulares, desmatamento e despejo ilegal de resíduos. Em agosto de 2017, a Secretaria Municipal de Saúde de Mairiporã inicia a vacinação às populações fronteiriças ao município de Atibaia, pela primeira positividade de PNH, no Bairro do Portão/Atibaia. Desafios eram inúmeros por questões geográficas, entretanto nossas equipes, solitárias, mas gigantes na varredura casa-a-casa num território extenso e pouco povoado. Analisar brevemente a experiência de Mairiporã, se justifica no desafio do tão discutido Pacto Interfederativo, que ainda se constitui um dos assuntos mais desafiadores da gestão no SUS, a percepção solitária do gestor Municipal frente ao enfrentamento das situações emergentes de Saúde Pública, que vai além dos dispostos nas redes regionalizadas, mas pela apropriação do território e as relações que neles se estabelecem, vai além de indicadores, e sim de famílias e comunidades que sofrem com a morte de seus provedores.

Possible ways for Public Health Surveillance practices evaluation. / Caminhos possíveis para a avaliação das práticas da Vigilância em Saúde.

This is an evaluative and qualitative study that proposes to investigate self-assessment evaluation as a device to analyze Health Surveillance practices through a questionnaire built by researchers, adapted from the Self-Assessment of Improved Access and Primary Care Quality (AMAQ) and available on the FORMSUS platform. Forty-one Health Surveillance workers and managers of a large municipality from São Paulo State evaluated the realms of "management", "teamwork" and their respective sub-realms. Two categories were created to analyze the results: "Management" and "Team" in dialogue with references from Management, Evaluation and Health Surveillance. Most "management" and "teamwork" sub-realms were deemed satisfactory. Self-assessment evaluation through an applied evaluation tool was shown to be a powerful resource for the analysis of Health Surveillance practices in combination with other devices adopted by the Unified Health System (SUS). Unlike usual evaluation processes guided by quantitative markers, this self-assessable evaluative process included subjects and enabled the possibility of incorporating a new look at itself to the way Health Surveillance is carried out and support future management contracts between workers and managers.

Resumo Trata-se de pesquisa avaliativa, qualitativa que se propôs investigar a autoavaliação como dispositivo de análise das práticas da Vigilância em Saúde, valendo-se de questionário construído pelos pesquisadores, adaptado da Autovaliação da Melhoria do Acesso e da Qualidade da Atenção Básica (AMAQ) e disponibilizado na plataforma FORMSUS. Quarenta e um trabalhadores e gestores da Vigilância em Saúde de um município de grande porte do estado de São Paulo avaliaram as dimensões da "gestão" e "trabalho da equipe" e suas respectivas subdimensões. Criaram-se duas categorias de análise dos resultados: "Gestão" e "Equipe", em diálogo com referenciais da Gestão, Avaliação e Vigilância em Saúde. A maior parte das subdimensões da "gestão" e "trabalho da equipe" foram avaliadas como satisfatórias. A autoavaliação, mediante o instrumento aplicado, mostrou-se potente para a análise das práticas da Vigilância em Saúde, em conjunto com outros dispositivos adotados no SUS. Diferentemente dos processos habituais de avaliação, pautados em indicadores quantitativos, este processo autoavaliativo incluiu os sujeitos e trouxe a possibilidade de incorporar aos modos de fazer da Vigilância em Saúde o olhar para si e sustentar futuros contratos de gestão entre trabalhadores e gestores.

Caminhos possíveis para a avaliação das práticas da Vigilância em Saúde / Possible ways for Public Health Surveillance practices evaluation

Resumo Trata-se de pesquisa avaliativa, qualitativa que se propôs investigar a autoavaliação como dispositivo de análise das práticas da Vigilância em Saúde, valendo-se de questionário construído pelos pesquisadores, adaptado da Autovaliação da Melhoria do Acesso e da Qualidade da Atenção Básica (AMAQ) e disponibilizado na plataforma FORMSUS. Quarenta e um trabalhadores e gestores da Vigilância em Saúde de um município de grande porte do estado de São Paulo avaliaram as dimensões da "gestão" e "trabalho da equipe" e suas respectivas subdimensões. Criaram-se duas categorias de análise dos resultados: "Gestão" e "Equipe", em diálogo com referenciais da Gestão, Avaliação e Vigilância em Saúde. A maior parte das subdimensões da "gestão" e "trabalho da equipe" foram avaliadas como satisfatórias. A autoavaliação, mediante o instrumento aplicado, mostrou-se potente para a análise das práticas da Vigilância em Saúde, em conjunto com outros dispositivos adotados no SUS. Diferentemente dos processos habituais de avaliação, pautados em indicadores quantitativos, este processo autoavaliativo incluiu os sujeitos e trouxe a possibilidade de incorporar aos modos de fazer da Vigilância em Saúde o olhar para si e sustentar futuros contratos de gestão entre trabalhadores e gestores.

Abstract This is an evaluative and qualitative study that proposes to investigate self-assessment evaluation as a device to analyze Health Surveillance practices through a questionnaire built by researchers, adapted from the Self-Assessment of Improved Access and Primary Care Quality (AMAQ) and available on the FORMSUS platform. Forty-one Health Surveillance workers and managers of a large municipality from São Paulo State evaluated the realms of "management", "teamwork" and their respective sub-realms. Two categories were created to analyze the results: "Management" and "Team" in dialogue with references from Management, Evaluation and Health Surveillance. Most "management" and "teamwork" sub-realms were deemed satisfactory. Self-assessment evaluation through an applied evaluation tool was shown to be a powerful resource for the analysis of Health Surveillance practices in combination with other devices adopted by the Unified Health System (SUS). Unlike usual evaluation processes guided by quantitative markers, this self-assessable evaluative process included subjects and enabled the possibility of incorporating a new look at itself to the way Health Surveillance is carried out and support future management contracts between workers and managers.

Prevalence, Risk Factors and Molecular Characteristics of Meningococcal Carriage Among Brazilian Adolescents.

BACKGROUND: In 2010, introduction of the meningococcal C conjugate vaccine in Brazil for children <2 years provided an immediate reduction in the incidence rates of disease among the age groups targeted for the vaccine, but no early impact was observed in unvaccinated age groups. Knowledge about meningococcal carriage is crucial for improving our understanding of the disease epidemiology and for designing effective vaccination programs. Taking in account the very limited published data currently available describing meningococcal carriage in Brazil, we performed a study to evaluate the prevalence of Neisseria meningitidis carriage among adolescent students. METHODS: A cross-sectional study was conducted in 2012 to assess the prevalence of meningococcal carriage among a representative sample of 1208 students 11-19 years of age in Campinas, Brazil. Genotypic and phenotypic characterization of isolated carriage strains and the effect of potential risk factors for carriage were also analyzed. RESULTS: The overall carriage prevalence was 9.9% (95% confidence interval, 8.3-11.8%), with dominance of serogroup C (1.32%), followed by serogroups B (0.99%), E (0.74%), Y (0.49%) and W (0.25%). A lower level of education of the parents was independently associated with a higher risk of carriage. A high diversity of genotypes was found among carriage strains. CONCLUSIONS: The evidence gathered during this study provides estimates of carriage prevalence in Brazilian adolescents, showing an unusually high dominance of serogroup C. These results have important implications in future strategies to optimize the impact of the current meningococcal C vaccination program in Brazil.

Etiologies of rash and fever illnesses in Campinas, Brazil.

BACKGROUND: Few population-based studies of infectious etiologies of fever-rash illnesses have been conducted. This study reports on enhanced febrile-rash illness surveillance in Campinas, Brazil, a setting of low measles and rubella virus transmission. METHODS: Cases of febrile-rash illnesses in individuals aged <40 years that occurred during the period 1 May 2003-30 May 2004 were reported. Blood samples were collected for laboratory diagnostic confirmation, which included testing for adenovirus, dengue virus, Epstein-Barr virus (EBV), enterovirus, human herpes virus 6 (HHV6), measles virus, parvovirus-B19, Rickettsia rickettsii, rubella virus, and group A streptococci (GAS) infections. Notification rates were compared with the prestudy period. RESULTS: A total of 1248 cases were notified, of which 519 (42%) had laboratory diagnosis. Of these, HHV-6 (312 cases), EBV (66 cases), parvovirus (30 cases), rubella virus (30 cases), and GAS (30 cases) were the most frequent causes of infection. Only 10 rubella cases met the rubella clinical case definition currently in use. Notification rates were higher during the study than in the prestudy period (181 vs 52.3 cases per 100,000 population aged <40 years). CONCLUSIONS: Stimulating a passive surveillance system enhanced its sensitivity and resulted in additional rubella cases detected. In settings with rubella elimination goals, rubella testing may be considered for all cases of febrile-rash illness, regardless of suspected clinical diagnosis.

Incorporation of real-time PCR into routine public health surveillance of culture negative bacterial meningitis in São Paulo, Brazil.

Real-time (RT)-PCR increases diagnostic yield for bacterial meningitis and is ideal for incorporation into routine surveillance in a developing country. We validated a multiplex RT-PCR assay for Streptococcus pneumoniae, Neisseria meningitidis, and Haemophilus influenzae in Brazil. Risk factors for being culture-negative, RT-PCR positive were determined. The sensitivity of RT-PCR in cerebrospinal fluid (CSF) was 100% (95% confidence limits, 96.0%-100%) for N. meningitidis, 97.8% (85.5%-99.9%) for S. pneumoniae, and 66.7% (9.4%-99.2%) for H. influenzae. Specificity ranged from 98.9% to 100%. Addition of RT-PCR to routine microbiologic methods increased the yield for detection of S. pneumoniae, N. meningitidis, and H. influenzae cases by 52%, 85%, and 20%, respectively. The main risk factor for being culture negative and RT-PCR positive was presence of antibiotic in CSF (odds ratio 12.2, 95% CI 5.9-25.0). RT-PCR using CSF was highly sensitive and specific and substantially added to measures of meningitis disease burden when incorporated into routine public health surveillance in Brazil.

Setor privado de saúde e a vigilância da síndrome febril exantemática: uma experiência municipal / Private Health Sector and Rash and Fever Illnesses Surveillance: a Municipal Experience

Entre 2003 e 2004, o Município de Campinas, Estado de São Paulo, Brasil, desenvolveu um sistema de vigilância de doenças febris exantemáticas (VigiFEx) para o conhecimento da epidemiologia dessas doenças, na ausência de casos autóctones de sarampo e baixa incidência da rubéola. O objetivo deste estudo foi descrever as estratégias utilizadas para a incorporação do setor privado ao VigiFEx e sua participação na vigilância dessas doenças. Analisou-se o número de unidades notificadoras e a proporção de casos notificados pelos setores público e privado de saúde, antes e durante o VigiFEx. Observou-se aumento do percentual de unidades notificadoras do setor privado (de 14,5 para 28,0% p<0,05) bem como do percentual de casos notificados por esse mesmo setor (de 1,6 para 8,3% p<0,05). A proporção de notificações do setor privado foi maior no início do VigiFEx. Conclui-se que é possível a adesão da rede privada ao sistema de vigilância epidemiológica mediante estratégias específicas. Sugerem-se atividades para fortalecer a articulação entre as redes pública e privada de saúde.

From 2003 to 2004, a rash and fever syndromic surveillance system (VigiFEx) was implemented in the Municipality of Campinas, State of São Paulo, Brazil, to understand disease epidemiology in a setting with low incidence of rubella and no transmission of measles. The purpose of that system was to know the epidemiology of those diseases when there were no auctoctone cases of measles and low incidence of rubella. The objective of this study was to describe strategies for incorporation of the private health sector into surveillance activities, and its participation in that surveillance system. The proportion of notifying units and notified cases by the private and public health sectors before and during VigiFEx were analyzed. An increase in the proportion of private sector notifying units was observed (from 14.5 to 28.0%: p-value <0.05); as well as an increase in the proportion of cases notified through the private sector (from 1.6 to 8.3%: p-value <0.05). Notification by the private sector was higher in the beginning of VigiFEx. In conclusion, increased participation of the private healthcare sector in surveillance activities is feasible as far as specific strategies are used. The authors suggest specific activities to integrate public and private healthcare sectors.

Investigação e controle de surto comunitário de doença meningocócica no Município de Campinas (SP), julho e agosto de 2007 / Local meningitis outbreak investigation and control measures in Campinas (SP), on July and Campinas (SP), julho e agosto de 2007

A doença meningocócica (DM) representa um importante problema de saúde pública devido a suas características de gravidade e o seu potencial de disseminação na população. Entre os dias 10 de julho e 7 de agosto de 2007 foi detectado um surto de DM nos bairros Vila Esperança e Jardim São Marcos, localizados na região Norte do município de Campinas, com a ocorrência de oito casos da doença e um caso secundário. O objetivo deste artigo é descrever o surto de DM ocorrido nesta localidade e as medidas de controle adotadas, bem como a operacionalização da atividade de vacinação. A taxa de ataque da doença foi de 122,9/100.000 habitantes e a faixa etária de ocorrência dos casos de 2 a 30 anos. O sorogrupo identificado foi o meningococo C com forma clínica predominante de meningite com meningococcemia. Não ocorreram óbitos. Foram adotadas como medidas de controle a quimioprofilaxia dos contatos intradomiciliares e a vacinação casa a casa, em área definida por meio de mapeamento georreferenciado. Utilizou-se a vacina conjugada contra o meningococo C para crianças de 2 meses a 1 ano, 11 meses e 29 dias e a polissacarídica para pessoas entre 2 a 34 anos. As ações de controle mostraram-se eficazes, uma vez que não foram registrados mais casos.

[Meningococcal disease diagnostic criteria in Greater Metropolitan Campinas, São Paulo State, Brazil]. / Critério diagnóstico da doença meningocócica na Região Metropolitana de Campinas, São Paulo, Brasil.

The aim of this article is to evaluate confirmatory criteria: culture, latex agglutination, counter immunoelectrophoresis, microscopic examination, and clinical/epidemiological criteria for cases of meningococcal disease reported in Greater Metropolitan Campinas, São Paulo State, Brazil, from 1993 to 2002 (568 cases). The following variables were also studied: clinical features, gender, age, city, hospital, case fatality, seasonality, and Neisseria meningitidis serogroup. Culture as a confirmatory criterion was the dependent variable in univariate analysis. The mean proportion of confirmatory criterion by culture was 68.7%. Clinical features of meningococcal disease -- meningitis without septicemia (OR = 2.87; CI: 1.89-4.38) and septicemia without meningitis (OR = 0.26; CI: 0.17-0.45) -- were associated with confirmation by culture. Case fatality rates were different among all diagnostic criteria. More attention should be given to etiological diagnostic confirmation in more severe cases. Diagnostic methods such as PCR may improve etiological confirmation of meningococcal disease in cases with negative cultures.

Critério diagnóstico da doença meningocócica na Região Metropolitana de Campinas, São Paulo, Brasil / Meningococcal disease diagnostic criteria in Greater Metropolitan Campinas, São Paulo State, Brazil

Foi estudado o critério de confirmação etiológica: cultura, clínico, teste do Látex e contraimunoeletroforese, exame bacterioscópico e clínico/epidemiológico dos 568 casos notificados de doença meningocócica na Região Metropolitana de Campinas, São Paulo, Brasil, de 1993 a 2002. Foram analisadas as variáveis: forma clínica, idade, sexo, local de moradia e internação, época do ano de ocorrência, letalidade e sorogrupo da Neisseria meningitidis. Confirmaram-se, pela cultura, 68,7 por cento dos casos. A letalidade foi diferente de acordo com o critério de confirmação da doença. As formas clínicas: meningite sem meningococcemia (OR = 2,87; IC: 1,89-4,38) e a meningococcemia sem meningite (OR = 0,26; IC: 0,17-0,45) mostraram-se associadas com o critério cultura. Maior atenção à confirmação diagnóstica deve ser dada aos casos mais severos. A utilização do teste da reação em cadeia de polimerase pode ser útil para aumentar a capacidade da confirmação etiológica da doença meningocócica em casos de culturas negativas.

Letalidade na epidemiologia da doença meningocócica: estudo na regiäo de Campinas, SP, 1993 a 1998 / Case fatality rate for meningococcal disease: study in the region of Campinas, SP, 1993 to 1998

Objetivo: Analisar a tendência da letalidade e incidência da doença meningocócica no período de 1993 a 1998 na regiäo de Campinas, S.P, abrangendo 5 municípios de seu entorno (1,2 milhöes de habitantes). Métodos: Foi realizado um estudo longitudinal retrospectivo de todos os casos notificados (375) da doença meningocócica pela vigilância epidemiológica regional. Por meio de análise de regressäo logística foram identificados os fatores associados ao aumento da letalidade dessa doença. Resultados: Os anos de 1996 e 1997 apresentaram maiores coeficientes de letalidade (23,8 por cento), coincidindo com picos de incidência do sorogrupo B, altos percentuais de meningococcemia e menor investigaçäo etiológica. Observou-se padräo sazonal e predomínio da circulaçäo da Neisseria meningitidis das cepas B:4:P1.15 e C:2b:P1.3. Os fatores relacionados com o aumento da letalidade pela análise de regressäo logística foram: presença de meningococcemia, com ou sem meningite (Odds Ratio ajustado (ORaj)) 13,88 e intervalo de confiança de 95 por cento ((IC) 4,68 - 42,13), idade acima de 30 anos (ORaj 6,42; IC 2,32-17,80), idade menor de 1 ano (ORaj 2,95; IC 1,55-5,63) e sorogrupo B (ORaj 2,33; IC 1,14-4,79). Conclusäo: A septicemia, a idade e o sorogrupo mostraram-se variáveis preditoras de morte. Em alguns anos, os coeficientes de letalidade apresentaram-se altos, indicando a necessidade de investigaçäo da qualidade e agilidade da assistência à saúde na prevençäo dos óbitos. Nesta regiäo, o percentual de identificaçäo etiológica dos casos dificultou conclusöes mais precisas sobre o comportamento epidemiológico das cepas

Avaliaçäo do diagnóstico laboratorial da doença meningocócica em pacientes internados em um hospital sentinela no município de Campinas/SP, 1988 - 1991 / Laboratorial diagnosis evaluation of meningococcal disease in hospitalized patients of a observed hospital in Campinas/SP, Brazil, 1988 - 1991

A análise dos exames relizados em 65 casos de Doença Meningocócica internados no Hospital Alvaro Ribeiro, Campinas/SP, de 1988 a 1991, mostrou que em 56,9(por cento) dos casos foi possível identificar os sorogrupos de Neisseria meningitidis, onde houve predominância do meningococo sorogrupo B, e em 7,7(por cento) foi possível detectar somente o diplococo Gram negativo. Encontrou-se valores de positividade semelhante para bacterioscopia e cultura de líquido céfalorraquidiano (LCR), 61,7(por cento) e 61,5(por cento) respectivamente. A maior positividade, na associaçäo dos exames, foi encontrada na bacterioscopia e cultura, 74,5(por cento), com valor aproximado na associaçäo de bacterioscopia, cultura e imunoeletroforese cruzada (IEC), 73,8(por cento). Os resultados das associaçöes de bacterioscopia e IEC e de cultura e IEC foram mais baixos e semelhantes: 62,0(por cento) e 62,2(por cento) respectivamente. Foi baixa a positividade dos exames de IEC, 34,8(por cento)

Aspectos epidemiológicos e diagnóstico laboratorial da doença meningocócica no município de Campinas/SP no período de 1988 a 1993 / Epidemiological aspects and laboratory diagnosis of meningococcal diseases in Campinas, SP, Brazil, from 1988 to 1993

Realiza estudo epidemiológico descritivo de 203 casos de doença meningocócica ocorridos no Município de Campinas, Estado de Säo Paulo, no período de janeiro de 1988 a dezembro de 1993. A incidência da doença meningocócica apresentou tendência de aumento a partir de 1988. O sorogrupo B predominou no início do período, sendo que a partir de 1991 o sorogrupo C passou a ser o mais prevalente. As cepas mais identificadas foram o B:4:P1.15 e C:2b:P1.3, ficando mais evidente a predominância desta última em relaçäo à primeira. Variou em torno de 60 por cento, ao longo dos anos estudados, os casos que apresentaram meningococcemia com ou sem meningite. O grupo de maior risco para adquirir a doença foi o das crianças menores de 4 anos, que também foi o que apresentou a maior proporçäo de casos. Os maiores coeficientes de incidência do sorogrupo B ocorreu nos menores de 1 ano de idade, e do sorogrupo C nos de 1 a 4 anos. Verifica tendência de queda da letalidade ao longo dos anos deste estudo. A análise do diagnóstico laboratorial dos exames realizados em 65 pacientes do Hospital Alvaro Ribeiro, mostra que em 64 por cento dos casos foi possível identificar o agente etiológico